Hlavní osou oblasti je Bratrušovský potok, který se táhne z jižní části katastru až po jeho sever. Nachází se zde další spíše drobné vodní toky, jako je Skalní potok nebo Bohdíkovský potok a další bezejmenné vodní toky. Vodní toky jsou sice drobnější, ale vytváří poměrně hustou říční sít v dané oblasti. Nejsou zde vymezeny žádné záplavové zóny. Geomorfologicky se obec nachází v Kopřivenské vrchovině a je tvořena údolím Bratrušovského potoka, především zde se kumulují horniny jako fluvické hlíny, písky až písčité štěrky. Na většině území se pak nachází ortoruly, hlinitokamenné sedimenty, místy pak pararula s granátem a erlan. K významným geologickým lokalitám patří lokalita nacházející se ve východní části obce (ploché haldy ve svahu), východně u hranice s obcí Šumperk se pak nachází lokalita Bratrušov - Městské skály, kde se nachází skalní výchozy. na území katastru se nenachází žádná geologická rizika, chráněná ložisková území ani stará důlní díla.