Významným vodním tokem je řeka Morava, která se táhne jižní částí obce. Další tok tvoří bezejmenný přítok Moravy, který protéká východní částí obce. Rovněž se v obci nachází jedna vodní plocha, a to místní rybník. Na území katastru se nachází pouze menší množství vodních toků a není zde hustá říční síť. Na území Bohutína zasahuje II. stupeň ochranného pásma přírodních léčivých zdrojů ze sousedního Bludova. Aktivní záplavová zóna není stanovena. Východní část obce spadá do CHOPAV - Kvartér řeky Moravy. Obec je součástí Mohelnické brázdy v jižní části, do severní části zasahuje Hanušovická vrchovina. Typické pro údolí řeky Moravy jsou fluviální hlíny, písky až písčité štěrky, severní a jižní části pak dominují ortoruly, střední části pak hlinitokamenné sedimenty. Na území obce se nachází dvě geologické lokality, a to upuštěný jednoetážový stěnový lom (Burdova hora) a lom Zbová - jednoetážový stěnový lom (ortoruly). Evidujeme zde dvě geologická rizika, a to aktivní sesuv pod Zbovou (do 50m) a potenciální sesuv v jeho blízkosti. Nachází se zde poddolované území, a to v oblasti geologické lokality východně od Burdovy hory, na něj navazuje staré důlní dílo - Štola Bohutín, kde se v minulost těžila měděná ruda.