Obec Bohutín leží v nadmořské výšce 320 m n. m. Na území obce zasahuje Mohelnická brázda a vyznačuje se zejména zvlněným až členitým terénem lesozemědělské krajiny. Od údolní nivy řeky Moravy se terén zvedá východně k hoře Zbová, severně potom k Burdově hoře. Obec spadá do dvou bioregionů, na jihu obce se nachází Litovelský bioregion, severovýchodní část je tvořena bioregionem Šumperským. Z celkové rozlohy tvoří orná půda pouze 7,24 %, trvalý travní porost 39,06 %, lesní plochy 26,13 %, zastavěné plochy potom 2,9 %, což je k velikosti území obce větší podíl, než ve srovnání s ORP a krajem. Podél jižní hranice obce se táhne regionální biokoridor, ten je pak doplněn biokoridory a biocentry lokálními, zejména v oblasti řeky Moravy, hory Zbová a Burdovy hory. Nenachází se zde žádné přírodní památky ani přírodní rezervace, nezasahuje sem CHKO ani Natura 2000. Obcí prochází pohledové osy - od severu k jihu z vyhlídkového bodu Bohdíkov na Bouzov, a od západu z vyhlídkového bodu Horní Studénky do Bludova. Krajinnou osu tvoří údolí řeky Moravy.