Obec Bohdíkov se nachází e střední nadmořské výšce 345 m n. m. a většina území se nachází v údolí řeky Moravy. Okolní krajina je tvořena mírnými svahy s krajinným typem Hanušovické údolí, pro nějž je typický reliéf členitých pahorkatin a vrchovin nebo zaříznutých údolí. Oblast je tvořena převážně lesní a lesozemědělskou krajinou a spadá do Šumperského bioregionu. Obcí prochází regionální biokoridor R891 a nachází se zde nadregionální biocentrum č. 64, ty jsou doplnění lokálními biocentry a biokoridory, které se nachází především v okolí řeky Moravy. Evidujeme zde prvky NATURA 2000 - a to evropsky významnou lokalitu Hadce a bučiny u Raškova a Štolu Mařka. Částečně od východu u hranic s obcí Kopřivná sem zasahuje ptačí oblast Králický Sněžník. Na území se nachází přírodní rezervace Na Hadci a přírodní památka Štola Mařka. Prochází tudy dálkový migrační koridor a nachází se zde lokalita výskytu zvláště chráněných rostlin a živočichů, konkrétně výskyt rostliny hvozdík kartouzek hadcový. V obci se nachází jeden památný strom, Fetkova Lípa. Hlavní krajinnou osu tvoří údolí řeky Moravy, které se táhne od jihu obce až k jeho severní části. Významným vyhlídkovým bodem jsou Komňátka, odkud pak vede směrem k jihu hlavní pohledová osa. Ve střední východní a západní části obce, zejména v k.ú. Komňátka a k.ú. Bohdíkov, se pak nachází krajinné prvky, převážně skupiny dřevin. Hodnota koeficientu ekologické stability je 5,46 %.